La dénomination « zones humides » recouvrent de multiples milieux naturels d'étendues et de formes diverses, qui ont comme point commun la présence d'eau, permanente ou temporaire, visible ou invisible : marais de plaine, tourbières, milieux alluviaux, étangs et bords de lacs, etc. Elles constituent des milieux naturels essentiels, pour leurs fonctions hydrauliques (régulation de crues et soutien d'étiage), biologiques (richesse en espèces rares et sensibles), hydro-biologiques (participation à l'épuration des eaux), ou socio-économiques (usage agricole, espace de découverte, paysage).

La mise en cohérence des trames vertes et bleues constitue l'un des axes majeurs du volet « Qualité des eaux, ressource et biodiversité » du Plan Rhône-Saône. Cet axe recouvre différents objectifs, dont notamment la préservation et la restauration des fonctionnalités des zones humides et des milieux remarquables inféodés au Rhône et à la Saône.