Compte tenu de la configuration aménagée du Rhône contre les crues, basée sur des principes de solidarité amont-aval, rive droite-rive gauche, articulant la protection des enjeux majeurs avec la préservation des champs d’expansion des crues, cet axe se décline principalement par la sécurisation des ouvrages de protection existants, dont l’intérêt est démontré en matière de protection des enjeux habités. 
Le plan Rhône-Saône se fixe ainsi comme objectifs d’accompagner les structures gémapiennes de l’axe dans l’étude de leurs systèmes de protection et dans la sécurisation des ouvrages autorisés par arrêté préfectoral.